يرجع السبب في ملوحة مياه البحار ، إلى وجود كلوريد الصوديوم الموجود في المياه ، حيث يذوب بنسبة عالية جداً في الماء وبكميّات كبيرة ، إنّ الكرة الأرضيّة ، وخاصّة قشرتها ، كانت تحوي منذ تكوينها قديماً ، على الكثير من العناصر الكيميائيّة ، التي كانت مرتّبة حسب كثافتها ، وهذه العناصر كانت مكّونة من مركّبات ، خضعت لتفاعلات كيميائيّة ، حيث نشأتّ هذه المركبات نتيجة تبريد عناصر القشرة الأرضيّة بين بعضها البعض ، إنّ أغلب هذه المركّبات هي قابلة لأن تذوب في الماء ، والتي تعرف في غالبها بالمركبات القلويّة الملحيّة ، وبعض هذه المركبات لا تذوب في الماء ، والتي يشتهر منها السيليكات .
يرجع أغلب العلماء إلى أنّه وبسبب هطول الأمطار في العصر الأولى لتشكيل الأرض ، أي منذ القديم ، فقد حدث أن تكثّفت المياه ، وبذلك قد ذابت الكثير من العناصر من القشرة الأرضيّة القابلة لأن تذوب في الماء ، وبسبب وفرتها وغناها في القشرة ، وأيضاً بسبب قابليتها على الانحلال في الماء ، حيث كان من بين هذه العناصر الـ CLNA ، وبذلك أدّى هذا إلى ملوحة مياه البار ، إنّ نسبة الملح تتفاوت بين بحر وآخر ، وبين بحر ومحيط ، بحيث يرجّح وجود الملح في المحيط على شكل كتل متجمّعة في قاعه .
يرى العلماء بأنّ مياه البحار كانت مياهاً عذبةً ، وذلك منذ ملايين السينين ، إلاّ أنّ الأنهار أدّت إلى ملوحة البحار حيث تصبّ فيها ، حيث تجمع هذه الأنهار أثناء جريانها لتصب في البحار ، بعض الرواسب ، وأيضاً المعادن ، وبكميّات كبيرة جداً ، ويكون من بينها الملح ، وبذلك يرون بأنّ الملوحة هي حالة طارئة على البحار وليس أصيلة ، كونه لا يدخل في تركيب المياه الكيميائي، ويرى العلماء بأنّ الملح الذي يترّسب في البحر ، بمرور الوقت والسنين ، فتزداد نسبة الملوحة في البحر نتيجة ازدياد التسربات .
إنّ رأي العلماء حول سبب أنّ البحر مالح ، وأنّ النهر عذب ، يعلّلون ذلك إلى أنّه ، وبسبب جريان النهر ، وانتقاله من مكانٍ لآخر ، هو الذي يسبب بأنّ لا أملاح تترسّب فيه ، ولا تستقر ، وأمّا البحر ، فإنّه وبسبب جلوسه في مكانه ، لا يغيّر مكانه ، يؤدي هذا إلى تراكم كميّة الملح فيه ، وربّما لهذا السبب لم يتعفّن البحر ، كون الملح قد حفظه .
