يصنع الخل بطريقتان: بطريقة طبيعية بواسطة البكتيريا بعملية التخمر، أو بطريقة صناعية عن طريق استخدام معادلات كيميائية معينة في إضافة المواد الكيميائية إلى بعضها، وينتج الخل تجارياً بنسبة كبيرة بتصنيعه كيميائيا بعملية تسمى كربنلة الميثانول (carbonylation of methanol). ويعتبر الخل الطبيعي مرغوبا بشدة أكثر من الصناعي، حيث يختلف الطعم بطريقة واضحة، بالإضافة إلى إمكانية وضع منكهات للخل، من توابل أو أعشاب طبيعية. أيضاً يعمل الخل الصناعي على تدمير جدار المعدة تدريجياً والتسبب بالقرحة بسبب تركيزه.
أما الطريقة الطبيعية فتتم بواسطة أنواع السلالات البكتيرية الكلوستريديام (Clostridium) أو أسيتوباكتيريام (Acetobacterium)، وهي بكتيريا موجبة غرام، حيث تعمل هذه السلالات على تحويل السكر الموجود في الفواكة المستخدمة لصناعة الخل إلى حمض الخليك (acetic acid) مباشرة بعملية التخمر اللاهوائي بدون إنتاج مادة الإيثانول الكحولية كمادة وسيطة في التفاعل. أيضا قد يتم إنتاج الخل بتحويل السكر إلى حمض الخليك بواسطة بكتيريا الأسيتوباكتر (Acetobacter)، وهي بكتيريا سالبة غرام، بعملية التخمر الهوائي (الأكسدة) لكن بوجود مادة الإيثانول كمادة وسيطة في التفاعل، أو يمكننا القول أن وجود الإيثانول مهم لبدء هذا النوع من البكتيريا عملية التخمير الهوائي. الفرق بين العمليتين مهم جدا، الأول أن بكتيريا التخمر اللاهوائي لا تتحمل درجات الحموضة المرتفعة، مما يخلق الحاجة إلى تركيز الخل الناتج بعد الإنتهاء من عملية التخمر. أما هو الفرق الثاني هو أن الإيثانول هو مادة كحولية، مما يخلق الحاجة إلى الانتهاء والتخلص من هذا الكحول بعد الإنتهاء من عملية التخمير بواسطة عملية البسترة، حيث يتبخر الكحول ويبقى الخل. كما تعمل البسترة أيضا على قتل البكتيريا غير المرغوب بها، مما يجعل فترة حفظ الخل أطول.
أما عن طرق وخطوات صنع الخل فهي بسيطة نوعاً ما؛ فما نحتاجه لصنع الخل هو الفواكه المراد تصنيع الخل منها (تفاح، عنب، شعير، ليمون، بطاطا....إلخ)، والماء، والبكتيريا التي ستساعدنا على صنع الخل، ووعاء زجاجي، وغطاء محكم، وغطاء من الشاش.
وأما لصنع الخل بطريقة التخمر الهوائي، فيتم استخدام فواكه ذابلة، أو فواكه يتم تجفيفها قبل استخدامها في صنع الخل للتخلص من محتواها المائي وزيادة تركيز السكر وتنشيط الخمائر التي ستساعد في عملية التخمر. يتم تقطيع الفواكه ووضعها في وعاء زجاجي ويتم غمرها بالماء، ثم يغطى الوعاء بغطاء محكم لمدة أربعين يوما فقط، وليس أكثر من ذلك حتى لا يتحول ما لدينا إلى خمر، ثم يتم وضع الإناء في مكان مظلم ودافيء. قد يتم استخدام محتوى كيس واحد من خميرة الخبز، حيث أن هذه الخميرة تعمل على تحويل السكر في الفواكه إلى إيثانول لتبدأ بكتيريا الأسيتوباكتر بعملها، وتعمل على تحويل الإيثانول إلى حمض الخليك، أو يتم الإكتفاء بكمية الخميرة الموجوة في الفواكه بشكل طبيعي، لكن من الاحسن وأفضل إضافة الخميرة لتسريع العملية. ويتم تغطية الوعاء الزجاجي بإحكام لأن الخميرة تعمل في ظروف لا هوائية. بعد مرور أربعين يوماً، يتم فتح الوعاء واستبدال غطاءه بشاش بعد إضافة القليل من الخل الطبيعي المصنع سابقا، وذلك لإضافة بكتيريا الأسيتوباكتر التي تعمل على تحويل الإيثانول الناتج من عملية تخمير خميرة الخبز (خميرة البيرة) إلى خمض الخليك في وجود الهواء. وبعد مرور شهر بعد وضع الشاش، يتم إزالة القطع المتعفنة، وتصفية السائل في شاش نظيف، ويفضل تعريض السائل إلى الحرارة للتخلص من بقايا الإيثانول، ثم يعبأ في زجاجات حافظة ويخزن.
