بالرغم من المنافع الكثيرة التي سبق ذكرها للمضافات الغذائية فإنه قد ينتج عن استعمالها أحيانا بعض الضرر. ومما لا شك فيه أن إدخال أية مادة مضافة جديدة غير معروفة للنظام الغذائي يصاحبه دائما نوع من الخطورة أو الضرر خاصة إذا كانت هذه المادة المضافة لم يتم فحصها بصورة متكاملة، وعليه فإن إضافة أية مادة كيماوية للنظام الغذائي يزيد من احتمال الضرر حتى ولو كان إضافة هذه المادة بكميات قليلة، ونتيجة لذلك فقد تم اقتراح المعادلة المسماة، معادلة الضرر والمنفعة Risk-Benefit Ratio.
إن السؤال الذي يطرح نفسه في مثل هذه الحالات: هل إن الضرر الذي ينتج عن استعمال االمضافات الغذائية رغم إجراء فحوصات السلامة عليها يغطي أو يتعادل مع الفوائد التي تجنى من استعمال هذه المضافات الغذائية كالحماية من الفساد الميكروبي أو الكيماوي أو تحقيق منافع تسويقية واقتصادية؟ وبناء عليه فإن اتخاذ أي قرار يتعلق بالمشاكل وعيوب الخاصة باستخدام المضافات الغذائية يجب أن يتم بناء على معادلة الضرر والمنفعة. وباستخدام هذه المعادلة يصبح من السهولة اتخاذ القرارات الخاصة بالمنع الفوري لاستعمال أية مادة ما مضافة.
وفيما يلي الحالات التي يمنع فيها استعمال المضافات الغذائية:
1. إذا كان الهدف من المادة المضافة هو تغطية أخطاء أو عيوب في العملية التصنيعية.
2. إذا كان الهدف من استعمال المادة المضافة هو إخفاء تلف أو فساد المادة الغذائية.
3. إذا كان استعمال المادة المضافة يهدف إلى خداع المستهلك.
4. إذا كان استعمال المادة المضافة يؤدي إلى فقد كبير في واحد أو أكثر من مكونات المادة الغذائية.
5. إن كان بالامكان الحصول على المادة الغذائية بدرجة عالية من الجودة باستعمال أساليب التصنيع الجيد
6. إن كان لابد من استعمال نسب مرتفعة من المادة المضافة للحصول على التأثير ونتائج المطلوب
في بعض الحالات نجد أن استعمال المادة المضافة قد يشكل القليل من الضرر أو الخطورة ولكن يسمح بإضافة هذه المادة وحتى إيجاد بديل أكثر أمانا وفاعلية.
