عندما دخل الأسلام المدينة المنورة وعند هجرة الرسول صلى الله عليه وسلم الى المدينة قام المسلمون ببناء مسجد قباء والذي يعتبر أو مسجد تم بنائه في الاسلام ويعتبر ثاني مساجد المدينة المنورة بعد المسجد النبوي الشريف ليعد أول مسجد في الأسلام . وتم بنائة عندما وصل الرسول الى المدينة المنورة وهو في الجنوب الغربي من المدينة المنورة ويبعد حوالي خمسة كيلو مترات عن المسجد النبوي الشريف .
يوجد به بئر ماء يعد نسب هذا البئر لأبي ايوب الأنصاري رضي الله عنه . وهنا نذكر في هذا المسجد الشهير القصة المعروفة عن مبرك ناقة الرسول صلى الله عليه وسلم عندما وصل الرسول الى المدينة المنورة وقال لاصحابه دعوها فأنها مأمورة وظلت تمشي حتى بركت في مكان المسجد وهناك تم بناء المسجد . إن سبب تسمية هذا المسجد بأسم مسجد قباء قال العلماء ان سبب التسمية هو اسم لبئر ماء حيث ذكر ذلك في كتاب معجم البلدان ان كلمة قبا تعني اسم بئر . ولفضل هذا المسجد ورد أيات و احاديث كثيرة نذكر منها قال الله تعالى ((لَمَسْجِدٌ أُسِّسَ عَلَى التَّقْوَى مِنْ أَوَّلِ يَوْمٍ أَحَقُّ أَنْ تَقُومَ فِيهِ فِيهِ رِجَالٌ يُحِبُّونَ أَنْ يَتَطَهَّرُوا وَاللَّهُ يُحِبُّ الْمُطَّهِّرِينَ).
شارك الرسول صلى الله عليه وسلم في عملية البناء لهذا المسجد بنفسه وشاركه الصحابة رضوان الله عليهم ايضاً في عملية البناء وكان صلى الله عليه وسلم أول من وضع حجراً في قبلة هذا المسجد الشريف ومعه ابو بكر وعمر وحمزه رضي الله عنهم وشاركوه بوضع حجر المسجد .
كان المسجد في بداياته بسيطاً عبارة عن شكل مربع ولا يزيد طول احد اضلاعه عن سبعون متراً وله الكثير من الأبواب يقال ان له ثلاثة أبواب . وفي عهد خلافة عمر بن الخطاب رضي الله عنه تم توسعة المسجد بشكل كبير وزادت عدد الأبواب اذا اصبح له ستة ابواب ثم وفي عهد الخليفة ذو النورين عثمان بن عفان تم تجديد البناء والاستعاضة عن اغصان النخيل بالحجر وتم توسعة كبيرة في عهده .
فضل الصلاة في هذا المسجد الشريف الذي بناه رسول الله صلى الله عليه وسلم . حيث كان النبي العظيم يزور المسجد ويصلي فيه ركعتين . حيث قال ابن عمر رضي الله عنه ( كان رسول الله يأتي مسجد قباء راكبا وماشيا فيصلي فيه ركعتين. وفي رواية . أنه صلى فيه ركعتين. رواه البخاري ومسلم قال صلاة في مسجد قباء تعدل عمرة . وقيل صلى الله عليه وسلم يزور المسجد كل يوم سبت ماشياً ويصلي فيه ركعتين .